L'habitat est subordonné au paysage naturel et comme lui se répartit en 3 zones: celle du Sundgau, celle de la Basse terrasse loessique, enfin celle de la Hardt. Les habitats qui se sont succédés au cours des âges se sont établis alternativement dans ces 3 zones, alors que l'actuel village se situe dans la zone médiane, avec une tendance, récente, au débordement sur les deux autres. La plaine, au contact des coteaux, a été densément occupée depuis des temps reculés: ainsi la prospection archéologique et les campagnes de fouilles successives de 1967 à aujourd'hui ont-elles fait apparaître des vestiges allant du néolithique (Ve-IVe millénaire avant notre ère) au Moyen Age. D'autres villages se sont succédés au même emplacement, ainsi qu'en d'autres endroits du ban de Habsheim, aux époques allant jusqu'à la période gallo-romaine. Des vestiges forts intéressants de l'âge du Cuivre, du Bronze et de l'époque gauloise (tombes et habitats) ont été mis au jour autour de la localité. A l'époque gallo-romaine, un important établissement agricole, artisanal et commercial, doublé d'un relais routier, était situé au Sud de Habsheim. II dirigeait l'activité économique dans un vaste secteur autour de Habsheim, activité qui trouvait une motivation importante dans la proximité d'un grand axe routier reliant Strasbourg à Bâle. Sa vie était intimement liée aux péripéties de l'empire romain dans les provinces rhénanes et la villa de Habsheim-Sud fut abandonnée au IVe de notre ère. Des vestiges des centuriations du Sundgau oriental sont encore discernables dans les environs de Habsheim.
Avec les incursions germaniques, de nouveaux villages s'implantèrent sur le finage de Habsheim, de préférence au bas des coteaux et à proximité de sources:
Oberdorf, cité à partir de 1090, non loin de la villa gallo-romaine. Habsheim, cité pour la première fois en 757 sous le nom de Habuhinesheim. Ratzheim (ou Rolisheim), près de la gare actuelle. L'existence de ces centres d'habitats a été liée étroitement à celle de Habsheim et, vers la fin du Moyen Age, après les épidémies, les péripéties guerrières et les difficultés économiques des XIVe et XVe s., leurs habitants se sont regroupés dans l'enceinte de Habsheim. Deux constatations: la permanence de l'habitat, d'un habitat diffus aux époques pré et protohistoriques, on est ainsi passé à un habitat concentré depuis le Bas Moyen Age. Le XXe s. voit le développement, puis l'éclatement du noyau central du village, enfin son bourgeonnement en plusieurs quartiers périphériques dont l'axe principal de développement s'oriente au S.-E.